Căn cứ Hoàn vũ kỷ văn - Thiên Nam dư địa khảo của Nguyễn Thu đời Thiệu Trị gọi là "đền thờ Mạc Thiên Tứ" và "Lời dẫn việc quyên tiền cất miễu" của Nguyễn Thần Hiến năm Đinh Dậu (1897), có câu: "Trung Nghĩa từ thờ đức Mạc Lịnh Công", thì rất có thể từ lúc Mạc Công Du tạo lập cho đến lần trùng tu lớn do Nguyễn Thần Hiến chủ xướng (hoàn thành năm Canh Tý, 1900), đối tượng được thờ chính ở đền là Mạc Thiên Tứ.

Vào năm nào việc thờ cúng được sắp xếp lại thì chưa rõ, nhưng hiện nay có ba người được thờ chính, đó là Mạc Cửu (ở giữa), Mạc Thiên Tứ (bên tả) và Mạc Tử Sanh (bên hữu) nơi gian thờ chính.

Ngoài ra, ở các gian khác còn phối tự thờ thêm các bài vị của phu nhân Thái Thái (mẹ Mạc Cửu), phu nhân Nguyễn Hiếu Túc (vợ Mạc Thiên Tứ), tiểu thư Mạc Mi Cô (con gái của Mạc Thiên Tứ)[11], các học sĩ, thuộc tướng và các con cháu của dòng họ Mạc. Vì thế, ngôi thờ này hiện nay có tên là Đền thờ họ Mạc.

Từ đền, qua cổng phụ phía bên phải (tính từ cổng chính nhìn vào), là một con đường lát gạch tàu dẫn lên khu an táng hơn 40 ngôi mộ của dòng họ Mạc. Trong số ấy, có một số mộ xưa như của Mạc Cửu, Mạc Thiên Tứ, Nguyễn Hiếu Túc[12]...được xây dựng theo lối Trung Quốc. Đặc biệt hơn cả là phần mộ Mạc Cửu. Đây là ngôi mộ lớn nhất, kiên cố nhất, có hình bán nguyệt khoét sâu vào núi, chỗ chôn hài cốt được đúc bằng đá vôi, cát, đường và nhựa ô dước như hình một con trâu nằm (thế tọa ngưu); tả có thanh long, hữu có bạch hổ và trước hai bên mộ có hai tượng tướng cầm gươm đứng hầu bằng đá xanh. Ngoài ra, trước mộ là khoảng sân rộng với các bậc thềm cẩn đá xanh, có tảng dài đến ba mét, do các nhà buôn Trung Hoa thời bấy giờ chở từ Quảng Tây sang tặng.